คณะรัฐมนตรีมีมติอนุมัติตามมติคณะกรรมการกลั่นกรองเรื่องเสนอคณะรัฐมนตรี คณะที่ ๔ (ฝ่ายเศรษฐกิจ) ซึ่งมีรองนายกรัฐมนตรี (นายกิตติรัตน์ ณ ระนอง) เป็นประธานกรรมการ ในการประชุมครั้งที่ ๕/๒๕๕๕ เมื่อวันที่ ๒๗ มิถุนายน ๒๕๕๕ ดังนี้
               ๑. รับทราบสถานะการดำเนินการประกวดราคาโครงการระบบรถไฟชานเมือง (สายสีแดง) ช่วงบางซื่อ - รังสิต ในสัญญาที่ ๑ - ๓ โดยกิจการร่วมค้า STEC - UNIQ (SU) เป็นผู้เสนอราคาต่ำสุดในสัญญาที่ ๑ (งานก่อสร้างงานโยธาสถานีกลางบางซื่อและศูนย์ซ่อมบำรุง)
               ๒. เห็นชอบการปรับกรอบวงเงินลงทุนด้านงานโยธาของโครงการระบบรถไฟฟ้าชานเมือง (สายสีแดง) ช่วงบางซื่อ - รังสิต จำนวน ๗๔,๗๙๘,๒๕๙,๓๒๕ บาท โดยปรับกรอบวงเงินในสัญญาที่ ๑ เพิ่มเติมจากจำนวน ๒๗,๑๓๗,๐๐๐,๐๐๐ บาท เป็น ๒๙,๘๒๘,๒๕๙,๓๒๕ บาท สำหรับสัญญาที่ ๒ และ ๓ ให้คงตามกรอบวงเงินลงทุนเดิมที่เคยได้รับอนุมัติจากคณะรัฐมนตรี และภายหลังจากได้ผลการประกวดราคาในสัญญาที่ ๒ และ ๓ แล้ว ให้นำเสนอคณะรัฐมนตรีอีกครั้งเพื่อพิจารณาวงเงินลงทุนรวมทั้ง ๓ สัญญาในคราวเดียวกัน ทั้งนี้ กรอบวงเงินลงทุนรวมของทั้งโครงการจะต้องอยู่ในระดับที่สมเหตุสมผลและไม่สูงกว่าจุดคุ้มทุน
               ๓. ให้การรถไฟแห่งประเทศไทยจัดทำรายละเอียดของการปรับเพิ่มวงเงินในสัญญาที่ ๑ แยกเป็นรายการ พร้อมทั้งระบุเหตุผลในการขอปรับเพิ่มวงเงินให้ชัดเจน เพื่อจะได้พิจารณาแหล่งเงินที่เหมาะสมสำหรับการดำเนินโครงการต่อไป