คณะรัฐมนตรีมีมติ ดังนี้
               ๑. เห็นชอบในหลักการการจัดตั้งกระทรวงการอุดมศึกษา วิจัย และนวัตกรรม โดยควบรวมบางส่วนของกระทรวงศึกษาธิการ กระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี สำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ และหน่วยงานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง ตามที่สำนักงาน ก.พ.ร. เสนอ และให้สำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีการับร่างพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม (ฉบับที่ ..) พ.ศ. .... ไปตรวจพิจารณา โดยให้รับความเห็นของรองนายกรัฐมนตรี (พลอากาศเอก ประจิน จั่นตอง) รองนายกรัฐมนตรี (นายสมคิด จาตุศรีพิทักษ์) รัฐมนตรีว่าการกระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี สำนักงบประมาณ และสำนักงานคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ ไปประกอบการพิจารณาด้วย โดยรองนายกรัฐมนตรี (พลอากาศเอก ประจิน จั่นตอง) เห็นด้วยในการจัดตั้งกระทรวงการอุดมศึกษา วิจัยและนวัตกรรม โดยเห็นควรให้เสริมงานวิจัยและนวัตกรรม เพื่อช่วยขับเคลื่อนผลงานวิจัยไปสู่การใช้ประโยชน์ในทุกมิติอย่างเป็นรูปธรรม และในกรณีที่มีสภานโยบายวิจัยและนวัตกรรมแห่งชาติ (สวนช.) เป็นหน่วยงานระดับนโยบาย และมีกระทรวงการอุดมศึกษา วิจัยและนวัตกรรม ดำเนินการควบคู่กันไป อาจมีข้อขัดข้องในทางปฏิบัติจึงต้องมีการกำหนดกรอบอำนาจหน้าที่ให้ชัดเจน เป็นต้น ส่วนรองนายกรัฐมนตรี (นายสมคิด จาตุศรีพิทักษ์) มีความเห็นเพิ่มเติมว่า การจัดตั้งกระทรวงการอุดมศึกษา วิจัย และนวัตกรรม โดยการควบรวมบางหน่วยงานและจัดแบ่งส่วนงานภายในจะต้องเป็นไปเพื่อการปฏิรูปโครงสร้างระบบราชการใหม่ และจะต้องทบทวนโครงสร้าง หน้าที่และอำนาจของส่วนงานเดิมและส่วนงานใหม่ให้มีความเชื่อมโยงและสอดคล้องกัน รวมทั้งมีการกำหนดกลไกและเป้าหมายในแต่ละส่วนงานรองรับอย่างชัดเจนไปพร้อมกับการดำเนินการจัดตั้งกระทรวง อีกทั้งควรพิจารณาความเหมาะสมของชื่อกระทรวงที่จะจัดตั้งขึ้นใหม่ให้สะท้อนภารกิจและบริบททางด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ซึ่งเป็นกลไกสำคัญในการขับเคลื่อนการวิจัย และนวัตกรรมในศตวรรษที่ ๒๑ เช่น "กระทรวงวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยี และการอุดมศึกษา (Science Technology and Higher Education Ministry : STEM)" และสำนักงานคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติมีความเห็นว่า การปรับปรุงโครงสร้างดังกล่าวยังคงมีความจำเป็นที่ต้องมีหน่วยงานสนับสนุนทุนวิจัยที่มีความเป็นอิสระและเป็นกลาง เพื่อให้สามารถตอบโจทย์ประเด็นการพัฒนาที่หลากหลาย ขณะเดียวกันก็มีความเป็นกลางในการจัดสรรทุนวิจัยที่ครอบคลุมทั้งภาครัฐ ภาคเอกชน นักวิชาการอิสระ และประชาชนทั่วไป และให้สำนักงาน ก.พ.ร. นำร่างพระราชบัญญัติฯ ไปดำเนินการตามมาตรา ๗๗ วรรคสอง ของรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย แล้วส่งผลการดำเนินการดังกล่าวไปประกอบการพิจารณาของสำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกา และให้นำเสนอคณะรัฐมนตรีพิจารณาอีกครั้งหนึ่ง
               ๒. เห็นชอบแผนการดำเนินการและจัดให้มีกลไกคณะทำงานเตรียมการจัดตั้งกระทรวงการอุดมศึกษา วิจัย และนวัตกรรม ตามที่สำนักงาน ก.พ.ร. เสนอ
               ๓. ให้สำนักงาน ก.พ.ร. รับความเห็นของรองนายกรัฐมนตรี (พลอากาศเอก ประจิน จั่นตอง) รองนายกรัฐมนตรี (นายสมคิด จาตุศรีพิทักษ์) รัฐมนตรีว่าการกระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี สำนักงบประมาณ และสำนักงานคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ ไปพิจารณาดำเนินการต่อไปด้วย
               ๔. ให้สำนักงาน ก.พ.ร. ได้รับยกเว้นการปฏิบัติตามมติคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ ๒๔ พฤศจิกายน ๒๕๕๘ (เรื่อง การเสนอเรื่องเร่งด่วนต่อคณะรัฐมนตรี) ในการเสนอเรื่องนี้