คณะรัฐมนตรีมีมติรับทราบมติคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการในการประชุม ครั้งที่ ๓/๒๕๕๔ เมื่อวันที่ ๗ เมษายน ๒๕๕๔ เกี่ยวกับหลักการกำหนดส่วนราชการประจำจังหวัดบึงกาฬ ตามที่สำนักงาน ก.พ.ร. เสนอ โดยมติคณะกรรมการฯ มี ดังนี้
               ๑. กรณีที่กฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการ มีการกำหนดให้มีราชการบริหารส่วนภูมิภาค และไม่ได้กำหนดจำนวนหรือเงื่อนไขไว้ เนื่องจากเป็นภารกิจพื้นฐานที่จำเป็นต้องมีในพื้นที่ทุกจังหวัด ก็ให้ส่วนราชการดำเนินการจัดตั้งส่วนราชการประจำจังหวัดบึงกาฬขึ้นได้ทันที โดยให้เกลี่ยอัตรากำลังเจ้าหน้าที่ของส่วนราชการที่มีอยู่ไปปฏิบัติหน้าที่ในส่วนราชการประจำจังหวัดบึงกาฬที่ตั้งขึ้นใหม่ เพื่อให้สอดคล้องและเป็นไปตามมติคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ ๓ สิงหาคม ๒๕๕๓ (เรื่อง ร่างพระราชบัญญัติตั้งจังหวัดบึงกาฬ พ.ศ. ....)
               ๒. กรณีที่กฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการ มีการกำหนดให้มีราชการบริหารส่วนภูมิภาค และไม่ได้กำหนดจำนวนหรือเงื่อนไขไว้ แต่มีกฎหมายเฉพาะในการกำหนดให้มีการจัดตั้งส่วนราชการประจำจังหวัด ซึ่งเป็นกรณีของสำนักงานการปฏิรูปที่ดินเพื่อเกษตรกรรม ดังนั้น การจัดตั้งส่วนราชการประจำจังหวัดบึงกาฬของสำนักงานการปฏิรูปที่ดินเพื่อเกษตรกรรม จะต้องเป็นไปตามบทบัญญัติการปฏิรูปที่ดินเพื่อเกษตรกรรม พ.ศ. ๒๕๑๘ ด้วย
               ๓. กรณีที่กฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการ มีการกำหนดให้มีราชการบริหารส่วนภูมิภาค แต่มีการกำหนดเงื่อนไขให้เป็นไปตามที่รัฐมนตรีประกาศกำหนด
                   ๓.๑ กรณีกระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬาและกระทรวงพลังงาน หากส่วนราชการวิเคราะห์และเห็นควรจัดตั้งส่วนราชการประจำจังหวัดบึงกาฬ เป็นราชการบริหารส่วนภูมิภาคเพิ่มขึ้น ส่วนราชการจะต้องดำเนินการตามแนวทางหนังสือสำนักงาน ก.พ.ร. ที่ นร ๑๒๐๐๐/ว ๑๗ ลงวันที่ ๑ ตุลาคม ๒๕๕๐
                   ๓.๒ กรณีกรมราชทัณฑ์ กระทรวงยุติธรรมโดยที่รัฐมนตรีได้มีการประกาศกำหนดให้มีเรือนจำอำเภอบึงกาฬแล้ว กรณีนี้ให้รัฐมนตรีประกาศกำหนดให้ส่วนราชการดังกล่าวเป็นเรือนจำจังหวัดได้ทันที
               ๔. ทั้ง ๓ กรณีข้างต้น ไม่ต้องแก้ไขกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการของกรมต่าง ๆ แต่ประการใด