คณะรัฐมนตรีมีมติอนุมัติตามมติคณะกรรมการรัฐมนตรีด้านเศรษฐกิจ ในคราวประชุมครั้งที่ ๗/๒๕๕๘ เมื่อวันที่ ๖ พฤษภาคม ๒๕๕๘ ซึ่งมีมติเห็นชอบในหลักการให้ศูนย์บัญชาการแก้ไขปัญหาการทำการประมงผิดกฎหมาย (Command Center for Combating Illegal Fishing) เป็นผู้ดำเนินการแก้ไขปัญหาการประมงผิดกฎหมาย โดยให้รับประเด็นอภิปราย ๔ ข้อ ไปดำเนินการให้แล้วเสร็จภายในเดือนพฤษภาคม ๒๕๕๘ และให้ศูนย์บัญชาการแก้ไขการทำการประมงผิดกฎหมายจัดทำแผนปฏิบัติการพร้อมทั้งประมาณการค่าใช้จ่ายในการดำเนินการเพื่อนำเสนอคณะรัฐมนตรีพิจารณาในวันที่ ๗ พฤษภาคม ๒๕๕๘ ต่อไป สำหรับประเด็นอภิปรายทั้ง ๔ ข้อ มีดังนี้
               ๑. การแก้ไขปัญหาการประมงผิดกฎหมาย (IUU Fishing) ให้ศูนย์บัญชาการแก้ไขปัญหาการทำประมงผิดกฎหมายเป็นผู้รับผิดชอบในการดำเนินการแก้ไขปัญหาการประมงผิดกฎหมายตามคำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ที่ ๑๐/๒๕๕๘ เรื่อง การแก้ไขปัญหาการทำการประมงผิดกฎหมาย ขาดการรายงาน ลงวันที่ ๒๙ เมษายน ๒๕๕๘ โดยให้ศูนย์บัญชาการแก้ไขปัญหาการทำการประมงผิดกฎหมายร่วมกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องเร่งรัดดำเนินการเกี่ยวกับการจดทะเบียนเรือประมงอย่างเข้มงวด โดยเรือลำใดไม่มีการจดทะเบียนจะไม่ให้ออกเรือ และหากมีการฝ่าฝืนให้สามารถจับกุมและยึดเรือไว้เพื่อใช้ประโยชน์ของทางราชการได้ การแจ้งเข้า-ออกของเรือประมง การติดตั้งระบบติดตามตำแหน่งเรือ (VMS) และระบบการรายงานผล รวมถึงการดำเนินการเกี่ยวกับการทำประมงชายฝั่งที่ผิดกฎหมาย ทั้งนี้ ให้จัดทำแผนระดับชาติในการป้องกัน ยับยั้ง และขจัดการทำประมงที่ผิดกฎหมาย ขาดการรายงาน และไร้การควบคุม (NPOA-IUU) และแผนปฏิบัติการแก้ไขปัญหาการประมงผิดกฎหมายให้แล้วเสร็จภายในเดือนพฤษภาคม ๒๕๕๘ รวมทั้งให้ศูนย์บัญชาการแก้ไขปัญหาการทำการประมงผิดกฎหมายสรุปขั้นตอนการดำเนินการในการแก้ไขปัญหาการประมงผิดกฎหมายให้ชัดเจนแล้วนำเสนอนายกรัฐมนตรี พร้อมทั้งแจ้งให้หน่วยงานที่เกี่ยวข้องใช้ประกอบการดำเนินการต่อไป
               ๒. เนื่องจากพระราชบัญญัติการประมง พ.ศ. ๒๕๕๘ ที่ได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษาแล้ว เมื่อวันที่ ๒๘ เมษายน ๒๕๕๘ ต้องดำเนินการแก้ไขปรับปรุงพระราชบัญญัติดังกล่าวเพิ่มเติม และออกกฎหมายลำดับรองที่จะต้องออกตามพระราชบัญญัติดังกล่าว ซึ่งในระยะเวลานี้หากจำเป็นต้องใช้อำนาจตามมาตรา ๔๔ ในรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย (ฉบับชั่วคราว) พุทธศักราช ๒๕๕๗ เพื่อให้มีการออกกฎหมายในการแก้ไขปัญหาการประมงผิดกฎหมายได้รวดเร็วขึ้น ให้กระทรวงเกษตรและสหกรณ์พิจารณานำเสนอนายกรัฐมนตรีเพื่อออกคำสั่งต่อไป รวมทั้งให้กระทรวงเกษตรและสหกรณ์รวบรวมข้อสังเกตจากนักวิชาการและสื่อมวลชนเกี่ยวกับการออกคำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ที่ ๑๐/๒๕๕๘ ซึ่งอาจไม่ครอบคลุมประเด็นปัญหาการประมงผิดกฎหมายในส่วนอื่น ๆ เพื่อที่จะได้แก้ปัญหาได้อย่างครอบคลุมและครบถ้วน
               ๓. การชี้แจงต่อต่างประเทศเกี่ยวกับการดำเนินการแก้ปัญหาการประมงผิดกฎหมายของไทยนั้น ต่างประเทศอาจไม่มีความเข้าใจเกี่ยวกับกระบวนการทำงานและกฎหมายของไทยเท่าที่ควร ดังนั้น ให้กระทรวงเกษตรและสหกรณ์รวบรวมประเด็นต่าง ๆ แล้วนำเสนอนายกรัฐมนตรีพิจารณาเพื่อสั่งการให้กระทรวงการต่างประเทศเป็นผู้ชี้แจงทำความเข้าใจที่ถูกต้องให้แก่ต่างประเทศเกี่ยวกับประเด็นดังกล่าว
                ๔. ในกรณีที่เรือประมงต่างชาติลักลอบทำการประมงผิดกฎหมายในไทย เช่น เรือประมงของเวียดนามที่ลักลอบเข้าทำประมงในน่านน้ำของไทย และได้มีการจับกุมลูกเรือดังกล่าวไว้เพื่อดำเนินคดีนั้น ขณะนี้ยังมีคดีประเภทดังกล่าวที่อยู่ระหว่างดำเนินการเป็นจำนวนมาก ก่อให้เกิดปัญหาเกี่ยวกับความแออัดของสถานที่คุมขัง รวมทั้งเป็นภาระแก่ทางราชการด้วย จึงให้สำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกาพิจารณาแนวทางการแก้ไขปัญหาในภาพรวม โดยให้คำนึงถึงประเด็นที่เกี่ยวกับความสัมพันธ์ระหว่างประเทศและประเด็นเรื่องสิทธิมนุษยชนด้วย