คณะรัฐมนตรีมีมติเห็นชอบผลการประชุมคณะกรรมการระดับสูง ไทย - อินโดนีเซีย ครั้งที่ ๕ เมื่อวันที่ ๑๑ - ๑๕ กันยายน ๒๕๕๔ ณ กรุงเทพมหานคร โดยมีผู้บัญชาการทหารสูงสุดของไทยและผู้บัญชาการทหารสูงสุดของอินโดนีเซีย เป็นประธานร่วม ตามที่กระทรวงกลาโหมเสนอ และให้ส่วนราชการที่เกี่ยวข้องทราบและดำเนินการในส่วนที่เกี่ยวข้องต่อไป โดยสาระสำคัญของการประชุมฯ สรุปได้ ดังนี้
               ๑. ที่ประชุมฯ รับทราบรายงานความคืบหน้าในการดำเนินงานหลังจากการประชุมคณะกรรมการระดับสูง ไทย - อินโดนีเซีย ครั้งที่ ๔ และรายงานความก้าวหน้าการดำเนินงานของคณะอนุกรรมการร่วมด้านการข่าว (JISC) รายงานความก้าวหน้าการดำเนินงานของคณะอนุกรรมการร่วมด้านยุทธการ (JCOSC) และรายงานความก้าวหน้าการดำเนินงานของคณะอนุกรรมการร่วมด้านการฝึกและศึกษา (JTESC)
               ๒. ประธานร่วมทั้งสองฝ่ายของคณะกรรมการระดับสูง ไทย - อินโดนีเซีย ตกลงจะดำเนินกิจกรรมต่าง ๆ และปฏิบัติตามข้อผูกพันที่ลงนามโดยทั้งสองฝ่าย โดยมีเป้าหมายเพื่อขยายการดำเนินงานในหัวข้อทั้งหมดที่ตกลงกันในการประชุมฯ ดังนี้
                   ๒.๑ ทั้งสองฝ่ายจะเร่งดำเนินการจัดทำบันทึกความเข้าใจและระเบียบปฏิบัติประจำว่าด้วยการลาดตระเวนร่วมทางทะเลระหว่างกองทัพไทยและกองทัพอินโดนีเซียให้เสร็จสิ้น รวมถึงการหารือเกี่ยวกับแนวคิดเรื่องการติดตามอย่างเร่งด่วน การเปลี่ยนแปลงตำแหน่งผู้บังคับการหมู่เรือของกองทัพเรืออินโดนีเซีย จากกองกำลังเฉพาะกิจด้านความมั่นคงทางทะเลหน่วยบัญชาการทางเรือภาคตะวันตก เป็นกองกำลังเฉพาะกิจสงครามทางทะเลหน่วยบัญชาการทางเรือภาคตะวันตก รวมถึงการใช้การฝึกทางยุทธวิธีสำหรับขั้นตอนการติดต่อสื่อสาร ซึ่งกองทัพเรือไทยจะประสานงานกับกองทัพเรืออินโดนีเซียต่อไป
                   ๒.๒ ฝ่ายอินโดนีเซียตกลงที่จะดำเนินกิจกรรมต่าง ๆ เช่น การเยือนอินโดนีเซียของนักเรียนเตรียมทหาร รวมทั้งคณะแพทย์และพยาบาลของกรมแพทย์กองทัพบก เพื่อเยี่ยมชมสถาบันทางการทหารต่าง ๆ ของอินโดนีเซีย โดยใช้อากาศยานทหารของกองทัพทั้งสองร่วมกันตามหลักการประจำปี
                   ๒.๓ ทั้งสองฝ่ายตกลงที่จะให้ความสำคัญกับกิจกรรมต่าง ๆ ตามที่ได้รับการสนับสนุนจากการประชุมรัฐมนตรีกลาโหมอาเซียน ที่ครอบคลุมกิจกรรมเกี่ยวกับความมั่นคงทางทะเล การช่วยเหลือด้านมนุษยธรรมและการบรรเทาภัยพิบัติ การปฏิบัติการรักษาสันติภาพ การต่อต้านการก่อการร้าย และการแพทย์ทหาร เป็นต้น และเห็นด้วยกับแนวคิดในการจัดโครงการแลกเปลี่ยนผู้เชี่ยวชาญเฉพาะด้านการฝึกร่วม/ผสม
                   ๒.๔ ทั้งสองฝ่ายตกลงที่จะสนับสนุนการประสานสอดคล้องและการบูรณาการความร่วมมือด้านการข่าวระหว่างกรมข่าวทหาร กองทัพไทยกับหน่วยข่าวกรองทางยุทธศาสตร์ กองทัพเรืออินโดนีเซีย เพื่อให้เป็นส่วนหนึ่งในรายงานของคณะอนุกรรมการร่วมด้านทางการข่าว ต่อคณะกรรมการระดับสูง ไทย - อินโดนีเซีย
                   ๒.๕ ทั้งสองฝ่ายตกลงที่จะสร้างสรรค์กิจกรรมใด ๆ ตามประเภทของการฝึกต่าง ๆ ซึ่งริเริ่มโดยกองทัพไทยและกองทัพอินโดนีเซีย โดยให้เป็นต้นแบบสำหรับการใช้งานในระดับอาเซียน
                   ๒.๖ ประธานร่วมทั้งสองฝ่ายหารือถึงความเข้าใจร่วมกันในประเด็นต่าง ๆ ที่ครอบคลุมเกี่ยวกับคณะอนุกรรมการร่วมด้านยุทธการและคณะอนุกรรมการร่วมด้านการฝึกและศึกษา ซึ่งคณะกรรมการดังกล่าวควรจัดการประชุมอย่างต่อเนื่อง และยอมรับร่วมกันเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงสมาชิกของคณะอนุกรรมการร่วมด้านยุทธการและคณะกรรมการระดับสูง ไทย - อินโดนีเซีย
                   ๒.๗ ทั้งสองฝ่ายตกลงที่จะปฏิบัติตามแผนกิจกรรมประจำปี พ.ศ. ๒๕๕๔ - ๒๕๕๕ ตามที่ทั้งสองฝ่ายได้ให้ความเห็นชอบร่วมกัน