คณะรัฐมนตรีมีมติเห็นชอบในหลักการตามที่กระทรวงศึกษาธิการเสนอโครงการพัฒนาบัณฑิตศึกษาและวิจัยด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี  ระยะที่ 2  (พ.ศ. 2549-2552)  ซึ่งเป็นการดำเนินงานในระยะที่ต่อเนื่องจากระยะที่ 1 โดยการดำเนินงานในระยะที่ 2 เป็นการปรับเปลี่ยนกระบวนทัศน์การดำเนินงานของศูนย์ความเป็นเลิศทางวิชาการจากการพัฒนาทรัพยากรบุคคลระดับสูงที่เน้นความรู้ความสามารถด้านวิชาการเป็นหลัก สู่การพัฒนาทรัพยากรบุคคลที่เน้นมิติด้านทักษะการวิจัยและนวัตกรรมที่สอดคล้องกับความต้องการของภาคการผลิตและภาครัฐ เพื่อสร้างรากฐานที่เข้มแข็งสำหรับงานวิจัยและพัฒนาด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี เพื่อสร้างความเป็นเลิศทางวิชาการอย่างต่อเนื่องให้กับศูนย์ความเป็นเลิศทางวิชาการ โดยงบประมาณค่าใช้จ่ายการดำเนินโครงการในปีงบประมาณ พ.ศ. 2549  ซึ่งต้องดำเนินการต่อเนื่องกับโครงการเดิม ให้พิจารณาปรับแผนการปฏิบัติงาน  และแผนการใช้จ่ายงบประมาณ  ประจำปีงบประมาณ  พ.ศ. 2549  ของหน่วยงานที่เกี่ยวข้องตามมาตรการส่งเสริมการเพิ่มประสิทธิภาพในการใช้จ่ายงบประมาณปีงบประมาณ พ.ศ. 2549 ตามนัยมติคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 20 มิถุนายน 2549 (เรื่อง มาตรการส่งเสริมการเพิ่มประสิทธิภาพในการใช้จ่ายงบประมาณ ปีงบประมาณ พ.ศ. 2549  และการเตรียมความพร้อมในการจัดการงบประมาณรายจ่ายประจำปีงบประมาณ พ.ศ. 2550) ตามความเห็นของสำนักงบประมาณก่อน ทั้งนี้ หากไม่สามารถปรับแผนได้หรือมีงบประมาณไม่เพียงพอ  อนุมัติให้เบิกจ่ายในส่วนที่ขาดจากงบประมาณรายจ่ายประจำปีงบประมาณ  พ.ศ. 2549 งบกลาง ในวงเงินรวมไม่เกิน  212  ล้านบาท โดยให้หน่วยงานที่เกี่ยวข้องขอตกลงในรายละเอียดกับสำนักงบประมาณต่อไป  สำหรับการดำเนินโครงการในระยะต่อไป  ให้กระทรวงศึกษาธิการในฐานะผู้ผลิตจัดทำข้อมูลรายละเอียดเสนอนายกรัฐมนตรี เพื่อพิจารณาร่วมกับสำนักงบประมาณ  และสำนักงานคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ  ตลอดจนหน่วยงานผู้ใช้ เช่น กระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ และหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง ก่อนนำเสนอคณะรัฐมนตรีพิจารณาอีกครั้งหนึ่งต่อไป